Selon les témoignages recueillis des anciens, la fondation de Bignona remonte aux années 1840-1860. Ainsi le noyau originel de la ville est celui où se trouve actuellement le Service des Eaux & Forêts au Sud du Marigot de Yacoubel correspondant aux quartiers des vieux  Manguiline et Bassène.

Toujours selon ces mêmes témoignages, l’origine du nom proviendrait des chasseurs originaires de Soutou qui après une partie de chasse dans la forêt de Djandassoutou arrivèrent au bord du marigot à l’endroit du gué. La nuit tombait et il était dangereux de s’aventurer à traverser le marigot car il y avait un énorme crocodile. Ils furent obligés de passer la nuit au bord du marigot et cet endroit fut appelé BOUDJONE c’est-à-dire il fait nuit. Ainsi, Boudjoné deviendra Bindjona puis Bignona.

Parmi les fondateurs, quatre noms sont souvent cités. Il s’agit de quatre vieux venus de Tendimane-Soutou qui s’installèrent en ce lieu pour exploiter les rizières fertiles. Tendimane, selon différentes sources était un village dont les habitants étaient belliqueux. Situé entre les villages de Soutou, Eguilaye, Kaoudjoul, Kassila, Niassaran et Djilondine, Tendimane fut assiégé et sa population exterminée par une coalition des villages qui l’entourent. Il y eut quelques rescapés qui trouvèrent refuge à Soutou et de là ils migrèrent vers « Boudjoné » pour exploiter les rizières.

Mais après une longue période de guerre contre les mandingues puis une épidémie de variole, il eut une seconde implantation vers les années 1880-1890.

L’arrivée des Européens en 1894 mettra fin au règne des mandingues et le village de Bignona va compter deux quartiers : Bassène à l’Est et à l’Ouest Manguiline où vinrent s’installer Ekengone et Dakorofène à la place de l’ancienne SONADIS.

A la suite de premiers habitants Diolas vinrent les mandingues en la personne de Lang DRAME venu du Pakao (Sédhiou). Il fut hébergé par le vieux Adighane COLY mais il finit par se fixer au près de ce dernier qui l’appela Kéba COLY c’est à dire vieux Coly en mandingue.

L’importance de la ville découle du rôle que les autorités coloniales lui ont conféré au début du 19ème siècle. En effet, les français, voulant étendre les zones de production arachidière et développer le commerce avec les colonies installèrent des comptoirs commerciaux dans les zones qu’ils jugeaient prioritaires notamment dans les régions côtières. Ainsi, une garnison militaire s’installa à Bignona en 1894 et la ville devint rapidement un comptoir commercial très actif.

Ces faits marquèrent le début du rôle important que Bignona, hameau de 350 habitants, devait jouer dans le vaste espace correspondant à l’actuel département du même nom. Son essor est intimement lié à ce statut de centre de collecte et d’échange commercial des produits agricoles de la région en contrepartie des biens manufacturés importés d’Europe. Dans les années 1950, la production de la subdivision s’élevait à 30 000 tonnes d’arachide transportées à bord de chalands qui remontaient le marigot de Yacoubel vers Ziguinchor.

Cependant, ce développement fut éphémère et Bignona a beaucoup perdu de son dynamisme, même si elle demeure une ville carrefour. En effet, le port est inexistant et la sécheresse a entraîné l’acidification des bas-fonds, jadis fertiles et réduit la production agricole. Toutefois, le département est une ville disposant de potentialités humaines et matérielles qui peuvent impulser un essor économique durable.

Aujourd’hui, la Commune de Bignona, de par sa position carrefour regroupe un grand nombre de groupes ethniques